突然タブ表示領域が読み込み状態になり、再表示された際に全てのツリーが解放されている、という現象を経験しました。
これは、「(1)FirefoxがWebExtensions API経由で返すタブの一覧」「(2)TSTのマスタープロセスが把握しているタブの一覧」「(3)TSTのサイドバーに表示されているタブの一覧」の間に不一致が生じた時に、1を再取得→1に基づいて2を再初期化→2を3に反映 という順番で強制的にタブの情報をリセットする処理が行われた事を示しています。
この時、ツリーの情報は1に紐付けて保存されているので、本来であればツリー構造も（可能な範囲で）正しく復元される事が期待されます。ツリー構造が全く失われてしまうというのは、このリセット処理の過程で何らかの不具合が起こっているためではないかと考えられます。
一番軽いケースでは、2→3の過程でツリー情報が反映されなかっただけという場合が考えられ、その場合はサイドバーを閉じて開き直すだけでツリー構造が復帰する可能性があります。
サイドバーの開閉後も状況が変わらないのであれば、1→2の過程で何か問題が起こっている可能性があります。アドオンマネージャ上でTSTを無効化して再度有効化すると、もしかしたらツリーが復元されるかもしれません。
どちらの方法でもツリーが復元されないままだとすると、ツリー構造が保存されていなかったり、失われてしまっていたりということになるので、復元はできないかもしれません。
いずれにせよ、ツリー構造の喪失とリセットが頻発するというのは、意図されるところではないです。
タブが開かれた直後に開き直すなどの事を行う他のアドオン（Firefox Multi-Account ContainersやTemporary Contaienrsなど）との組み合わせによって、タブの不整合が発生しやすくなっているという可能性があるので、もしそういったアドオンを併用されているのであれば、無効化してみると状況が改善するかも知れません。